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Transaktionen muss erst einmal Dein RDMS können. Transaktionen sind gegeben, wenn (rob gesagt) in zwei oder mehreren Tabellen Änderungen vorzunehmen sind, die entweder zusammen oder gar nicht ausgeführt werden sollen.
Wenn Dein RDBMS Transaktionen kann, dann schicke per PHP einen dafür geeigneten Batch zum Datenserver bzw. besser schreibe eine so genannte stored procedure für diesen Zweck.