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Hallo Stephan,
Es muss doch möglich sein das das DIV Element das SVG überlagert?!
Möglich vielleicht, wobei die Umsetzung von eingebetteten Inhalten stark vom Browser/OS abhängt. Auch Formularelemente liegen gern "on top". Probiere es alternativ mit object oder iframe aus. Die Tooltip-Inhalte könnten auch in einem XML-Dokument liegen und dann via AJAX-Call dynamisch in die Grafik eingelesen werden ...
Grüße,
Thomas