Hi,
du meinst auf ein <img> klicken, und dort soll dein ein, z.B. roter, Punkt erscheinen?
Prototype brauchst dafür nicht, hilft aber evtl. bei Browserabstraktion.
Ich würde mir mal die Event-Koordinaten bei einem Klick auf das Bild holen, z.B. so:
http://www.prototypejs.org/api/event/pointerX
Dann an dieser Position ein neues Element einfügen.
Wegen dem Speichern ... das geht von ganz primitiv mit hidden field, über Cookie, bis zu AJAX mit Datenbank-Synchronisation ... je nach dem was du willst und brauchst.