Jens R.: Probleme beim File-Upload

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Hallo,
ich habe seit einiger Zeit folgendes Problem. Meine Homepage wird bei freenet gehostet. Mittlerweile umfasst die Datenmenge 3500 Objekte (html., gif, jpeg), das ergibt ca. 150 MB. Ich habe mir nie die Mühe gemacht, die Dateien in verschiedenen Ordnern abzulegen, alle Dateien liegen in einem einzigen Ordner.
Seit einiger Zeit treten nun beim Dateiupload (PSFtp free) immer wieder Probleme auf. Insbesondere Dateien, die überschrieben werden sollen, werden nicht überschrieben. Ab und an werden einzelne Dateien nicht hochgeladen. Teilweise musste ich Dateien erst auf dem Server löschen, bevor ein Upload zum gewünschten Ziel führte.
Nun sagte mir mal jemand, dieses Ordnungssystem (oder besser Unordnungssystem) könne früher oder später zu eben jenen genannten Problemen führen. Ehrlich gesagt will mir schwerlich in den Kopf, warum das so sein sollte.
Bitte um Aufklärung...

Jens R.