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Nun sagte mir mal jemand, dieses Ordnungssystem (oder besser Unordnungssystem) könne früher oder später zu eben jenen genannten Problemen führen. Ehrlich gesagt will mir schwerlich in den Kopf, warum das so sein sollte.
Es ist eine Frage des vom Server genutzten Dateisystems.
Viele Dateien in einem einzigen Verzeichnis zu haben ist technisch nicht böse oder gefährlich, aber unter Umständen ziemlich zeitaufwendig, weil alle Dateioperationen nicht mit einer kurzen Liste, sondern mit einer sehr langen Liste von Dateien arbeiten müssen.
Deshalb kann es durchaus passieren, dass eine Dateioperation so lange dauert, dass es währenddessen zu einem HTTP-Timeout kommt, oder dass die Laufzeit eines Skriptes überschritten wird, oder sonstige Effekte auftreten, die einfach daher kommen, dass Dateioperationen so lange brauchen.