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Wenn ich es aufteile dann wäre die Mio Pics auf 10 Verzeichnisse verteilt,...
Arg, schwere Frage, hängt vom Server und vom OS (und dessen dateisystem) ab.
Eigentlich ist es OK, wenn die Ablagestruktur nur in der DB liegt, also bspw. Ordner und weitere Struktur nur vorgetäuscht werden und im Dateisystem der ganz Brei zusammen liegt.
Bei 1.000.000 Bildchen in einem Ordner weiss ich nicht so recht, bitte mal das Betriebssystem benennen (oder/und einen Selbstversuch mit 1.000.000 Bildchen machen).
Eventuell könntest Du die Bildchen auch als BLOB in die DB hauen, aber da sind dann eventuelle MySQL-Restriktionen (bzw. negative Leistungsmerkmale ;) zu prüfen.