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Frage:
Kann es Probleme geben, wenn z.B. 100.000 User und mehr registriert sind, und es damit 100.000 und mehr Verzeichnisse gibt?
Gegenfrage: Kann es Probleme geben, wenn alle Fotos in einem Verzeichnis sind, also eine Million Fotos (von 100.000 Usern je 10 Stück)?
Antwort: Es ist Jacke wie Hose, du hast in beiden Fällen extrem viele Einträge in deinem jeweiligen Verzeichnis, und das Dateisystem muß damit klar kommen.
Gibt es eine Obergrenze für die Anzahl an Verzeichnissen?... oder gibt es Performance-Schwierigkeiten in dem Zusammenhang?
Es gibt keine Obergrenze, aber je nach Dateisystem extrem niedrige Performance. Es ist daher ratsam, den Verzeichnisbaum in geeigneter Weise aufzusplitten, beispielsweise nach dem Muster /u/s/e/username oder /u/us/use/username.
Das ganze läuft auf einem LAMP-System.
Diese Angabe ist ungenügend hinsichtlich der Performancefrage.