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Danke für eure Antworten.
Es war also doch keine so gute Idee. :-)
Das mit dem Cronjob wäre an sich eine gute Sache, jedoch kann man das leider nicht bei jedem Hoster einrichten, und meine Scripts sollten möglichst überall lauffähig sein. Aber ein "Garbage Collector" direkt im Upload-Script ist wahrscheinlich die beste Lösung, auch wenn die Performance leicht darunter leiden könnte.
Gruss Ben