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Generell gilt: Objekte, die du mittels JavaScript geöffnet hast lassen sich auch über deren Hilfe wieder schließen. Wenn du es also schaffst mit JavaScript ein Objekt aus einer Shell etc. zu öffnen, dann kannst das so geöffnete Fenster auch wieder schließen. Ansonsten fürchte ich musst du dir was anderes einfallen lassen.
Möglich wäre es doch ein kleines Programm zu schreiben, dass den InternetExplorer implementiert, aber über einen größeren Knopf zum Schließen verfügt.