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Ich kenne die Funktionsweise des Indexes leider selbst nicht genau, aber ich glaube das ist für deine Zwecke nicht notwendig, da MySQL eigene Filter besitzt
Eine mögliche Herangehensweise wäre die folgende:
Einmal am Tag liest du per CronJob sämtliche Einträge deiner eigentlichen Datenbank aus. Hier lassen sich durch verschiedenste Algorithmen Performance-Einsparungen verwirklichen. Der Klassiker wäre: Ein timestamp-Abgleich der letzten Änderung.
Alle für dein Programm erkennbar geänderten DB-Einträge werden nun in eine zweite Tabelle übertragen. Gespiegelt werden müssen natürlich nur die durchsuchbaren Felder und der Identifier (i.d.R. der primary_key). Wenn jemand nun eine Suche startet wird deine SELECT-Anweisung auf die Tabelle mit Fulltext-Index umgeleitet. Du fragst also die eigentlich fremde Tabelle ab.
Treffer hier können dann auch als Treffer in der eigentlichen Datenbank betrachtet werden. Diesen "echten" Eintrag rufst du dann auch auf, wenn dein SELECT mit einer eindeutigen Auswahl durchgeführt werden kann: "SELECT * FROM xyz WHERE primary_key = 123" statt "SELECT * FROM xyz_mit_fulltext WHERE MATCH (feld) AGAINST (suche)"
Um zum Beispiel vorzubeugen, dass gelöschte Einträge noch in der Suche austauschen könntest du noch durch einen JOIN der eigentlichen Tabelle in deine Fulltext-Tabelle unterbinden.
(z.B. "SELECT A.* FROM xyz_mit_fulltext AS A WHERE MATCH (A.feld) AGAINST (suche) INNER JOIN xyz AS B ON A.primary_key = B.primary_key")
Viel Erfolg bei der Umsetzung.