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Vielleicht das Problem nicht bei Typo - und eine Neuinstallation würde den Fehler nicht beheben.
Es kann sein, daß deine HTML-Designvorlage einen Fehler hat.
Für gewöhnlich erstellst du ja eine HTML-Seite als Vorlage, die im Template eingeladen wird. Typo erzeugt dann selbst die Header.
Der Fehler deutet darauf hin, daß Typo versucht den Header zu erstellen, obwohl er schon draussen ist.
Setze mal in deine Designvorlage nach dem Body-Tag und vor dem Ende des /Body-Tag folgende Marker
<!-- ###DOCUMENT### begin -->
<!-- ###DOCUMENT### end -->
und in dein Template
workOnSubpart = DOCUMENT
Vielleicht ist das der Fehler...
Gruß,
Flash