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Hallo Jonathan,
Wieso sollte Benutzerfreundlichkeit schädlich sein?
Naja, Benutzerfreundlichkeit ist relativ. Ich persönlich halte vi + config Datei + manpage für Benutzerfreundlicher, als mich in irgendwelchen graphischen Menüs durchzuklicken. Für einen Serverbetrieb ist ein GUI eher ungeeignet und störend.
Aber die direkte Antwort auf deine Frage ist, dass GUI orientierte Distros mit ihrer Standardinstallation (oft sogar mit ihrer Minimalinstallation!) eine Menge Kram mitbringen, der auf einem Server nichts verloren hat. Je mehr Komponenten, umso mehr leidet die Performance und umso mehr Sicherheitslöcher werden geöffnet. Ruf z.B. mal nach einer Standardinstallation von Ubuntu "netstat -autl" auf und du wirst feststellen, dass "standardmäßig" irgendwelche Ports offen sind, von denen du noch nicht mal weisst, wofür sie da sind. Das ist nicht gerade ein optimaler Start für einen Sicherheitsbedachten Serveradministrator. Oder wie die Engländer so schön zu sagen pflegen: "The more moving parts, the more likely is it to jam".
Gruß,
Cruz