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Hallo Marc,
Ich weiß nicht, mit was für einer Umgebung ihr entwickelt, aber typischerweise hat man sowas, wie ein Buildsystem. Selbst wenn man eigentlich nichts Compilieren muss, kann es sinnvoll sein, so etwas zu verwenden.
Man hat also eine Verzeichnisstruktur der Art:
src/ data/ config/ build/
Bis auf build/ liegt alles unter der Versionskontrolle.
Dann hat man irgendwelche Build-Scripts (ANT, make, oder irgendwas selbstgebasteltes), die daraus ein lauffähiges System bauen. Wenn man die Sourcen nicht übersetzen muss und direkt ändern können will, kann man die auch einfach nach build/ linken oder direkt in src/ verwenden, wenn die Anwendung das zulässt.
Typischerweise ist es jedenfalls schwierig, eine komplette lauffähige Anwendung im Repository zu haben, deswegen automatisiert man den Vorgang, eine solche einzurichten.
Grüße
Daniel