Hallo,
Ja. Das hat aber nichts mit dem MasterBoot-Record zu tun, sondern es handelt sich um Einträge in deiner boot.ini.
Nein, normalerweise nicht. Ubuntu installiert normalerweise GRUB als Bootmanager, der hat mit der boot.ini nichts am Hut.
fixmbr sollte helfen. Ich persönlich halte es für ungefährlich, wobei du natürlich sicherheitshalber wichtige Daten sichern solltest.
Jonathan