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Hat jemand eine Idee, wie ich mir PHP, HTML, Javasrcipt Verbindungslinien herstellen kann?
HTML ist nicht zum Zeichen von Grafiken gedacht, auch wenn es einige Leute gibt, die sowas fertigbringen. SVG scheint aber die Möglichkeiten, die du suchst, zu bieten (das im Artikel Beschriebene sollte sich auch mit Javascript umsetzen lassen), allerdings wird SVG nicht unbedingt von allen Browsern akzeptiert.
Alternativ könntest du auch mit PHP auf dem Server eine normale Grafik erstellen und diese mit <area> und Javascript zum Anzeigen der Zusatzinfos bewegen.
Auf dem aktuellen Stand kannst du die Seite in beiden Fällen mit AJAX halten (prototype nur als Beispiel).