Hallo Florenz,
Du musst im IE fuer jedes Element, dessen Position nicht static ist, einen Z-Index angeben. Das Problem ist hier ganz gut beschrieben.
Deine Webseite ist klasse, sehr originelles Design!
Leider hast du aber ein paar Bugs drin. Du kannst hier zB.
<a href="#ph"><div id="scontact"></div></a>
kein Blockelement stehen haben. Nimm stattdessen ein <span> und setze es per CSS auf display:block. Klar, den Semantik- und Barrierefreiheitaward wirst du wohl nicht gerade gewinnen, aber deine Seite verfolgt ja offensichtlich auch ganz andere Ziele.
Gruß,
Dieter