Hallo EKKi,
Alles, was nicht direkt vom Webserver ausgeliefert werden soll/darf, hat unterhalb des DOCUMENT_ROOT nix zu suchen. So sehe ich das jedenfalls. :-) Deswegen liegen Include-Dateien, Bibliotheken usw. alle in einem /include-Verzeichnix parallel zum /htdocs (evtl. mit Unterordnern).
Sicherheitstechnisch durchaus verständlich, leider nicht immer möglich, vor allem, wenn man Code schreibt, der auch auf unterschiedlich(st)en Systemen funktionieren soll.
Jonathan