Hi,
der Bootloader/Bootmanager von XP (ntldr) enumeriert die Festplatten in ähnlicher Weise wie Grub unter Linux. Deine boot.ini beinhaltet ungefähr solch einen Passus:
[boot loader]
timeout=1
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
Dokumentation dazu findest du bei http://msdn.microsoft.com.
Du kannst von der originalen vollwertien Windows CD oder von einer Recovery CD booten, in den Systemwiederherstellungs-Modus gehen und dort mit bootcfg /list und bootcfg /rebuild eine neue boot.ini passend zum neuen Festplattenlayout bauen.
Wenn die Platte im Bios selbst erkannt wird, liegt es wahrscheinlich nicht an einem kaputten Kabel. Der Port hingegen ist natürlich relevant für die Enumeration aller Platten.
Auf ASUS Mainboards mit vielen SATA Ports kannst du im Bios unter "Integrated Peripherals" den RAID/AHCI Modus aus- oder umschalten
Cheers, Frank