Versuchs mal mit einer Klammer

[Matthias]

function checkAll(){
  counter = activeRows;
  if(counter != row_limit){
    counter--;
  }

for(i = 0; i <= counter; i++){
    if(document.getElementById("artnr"+i).value == ""){
      alert("Fehlende Artikelnummer in Position "+(i+1));
      i--
      document.getElementById("artnr"+i).focus();
      i=-1;
    }
  }
}

Zweimal? mich wundert dass es keine Endlosschleife gibt, wenn Du die Zählvariable in der Schleife immer zurück setzt.

Vielleicht kannst Du mal etwas allgemeiner beschreiben was Du eigentlich erreichen willst. Wozu dieses ständige hoch und runter mit dem i??