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ich tippe darauf, dass dem IE die "div-Suppe" im Code nicht schmeckt, die mit z-indices und absoluten Positionierungen reichlich versalzen ist.
div suppe ist nur ein problem für screenreader, suchmaschinen und den programmierer/autor nicht aber für den browser
ich tippe eher darauf, dass es nicht validen quelltext liegt und die fehlerkorrektur vom firefox besser ist ;)