Hallo,
Oder muss ich jetzt dort alles Absolut aufrufen (z.B. via $_SERVER['PHP_SELF'])?
hüte dich davon irgendwie $_SERVER['PHP_SELF'] zu nutzen. Lieber dann in einer config Datei eine document root Konstante definieren, die den absoluten Pfad zu deinem Wurzelverzeichnis angibt.
Kleiner Tipp:
Eine gute Ordnerstruktur erspart dir viel Kummer. Das includen kreuz und quer durch die Ordner macht dein Script extrem unübersichtlich und schlecht nachvollziehbar.