Hallo,
mit Adobe AIR geht sowas. Ich weiß nur nicht, ob sich Adobe AIR ohne weiteres in ein bestehendes Flash einfügen lässt, oder wie das technisch dann abläuft, da AIR ja eigentlich für lokal laufende Clients gedacht ist.
Ein "Blink-Beispiel" findest du jedenfalls hier:
http://www.video-flash.de/index/air-taskleiste-von-windows-blinken-lassen/
Das Beispiel-FLA-File kannst du problemlos in Flash öffnen und testen.
Beste Grüße
Lars