Nachdem ich die Misere um XHTML mal zur Kenntnis genommen habe, kam ich zum Schluss, dass Auslagerung aller Scripte und Stylesheets in externe Dateien der Nerven schonenste Weg ist. Das würde ich auch für HTML grundsätzlich empfehlen.
Grundsätzlich stimme ich Dir da zu, allerdings baue ich die Seite & die JS-Funktionen mit einigen Smarty-Variablen zusammen, daher befindet sich der JS-Code direkt unter dem HTML-Script.
Gruß,
Manu