Summa sumarum: Ja, Kommentare haben, genau wie Nicht-PHP-Blocks, Einfluss auf die Performance. Zumindest was Kommentare angeht, ist dieser aber gut investiert. Du solltest dir auch mal phpdoc anschauen.
ergänzend gibt es zu sagen, dass php keinen byte cache hat und somit das script bei jedem aufruf in maschinensprache übersetzen muss - dass dabei einen logik greift, die kommentare entfernt, ist klar - aber das kostet (wenn auch nicht viel) zeit
obs benchmarks zur art des kommentars gibt (// vs. /* */ weiss ich nicht, wäre aber auch interessant, wie groß der einfluss hierbei ist
um dieses manko zu kompensieren, gibts zb dinge wie den eAccelerator