Es müsste ja dann irgendwo ein AllowOverride None oder ein deny all stehen oder verstehe ich das jetzt falsch?
Nur letzteres. allowOverride beeinflusst nicht das Vererben in der httpd.conf, sondern regelt, welche Gruppen von Direktiven in .htaccess-Dateien genutzt werden können.
Wenn du deinen Dreizeiler entfernst, kannst du auf Seiten, die in dem Bereich liegen, zugreifen, sehe ich das richtig?
Die Files-Sektionen sie soweit ok, sie verhindern z.B. die Auslieferung von .htaccess-Dateien.