<embed src="meins.swf" .... width="" height=""></embed>
Über einen kleinen Umweg würde ich es realisieren. Leg ein DIV mit ID darüber
<div id="meins"><embed src="meins.swf" ... width="" height=""></embed></div>
Nun brauchst du in JavaScript nur noch das Innere des DIV - Tags ändern. Zum Beispiel
funtion aenderDas()
{
meins.innerHTML='<embed src="meins.swf" ... "width="" height=""></embed>';
Es dürfen sich dann nur keine Hochkommatas (') innerhalb des EMBED - Tags befinden.