Hallo
Geschützte Dateien in ungeschützten Ordnern oder umgekehrt sind eher ein Sicherheitsrisiko als denn ein Schutz. Das ist philosophisch der komplett falsche Ansatz. Sorry.
Es handelt sich hier nur um einen vorübergehenden Schutz eines Teils der Internetseite. Das soll kein durchdachtes Schutzkonzept sein, das ist klar.
Davon mal abgesehen, was ist den mit diversen Suchmaschinen? Wie sollen die denn nachher das ganze Kauderwelsch auslesen, oder ist Dir das egal?
Die bekommen doch ganz normale HTTP-Statuscodes zurück. Wenn die das nicht verstehen...
Im Übrigen brauchst Du nur einmal eine htaccess zu erstellen. Die kannst Du in jeden Ordner kopieren.
Was je nach Anzahl der Ordner ziemlich aufwendig sein kann.
Gruß
Rüdiger