Hallo Frank,
Nein, der generiert die Sourcedateien, die man dann durch den HTML Help Compiler von Microsoft jagen kann (bzw. vielleicht wird der inzwischen auch automatisch aufgerufen, keine Ahnung).
http://manual.phpdoc.org/ - ganz unten "chm".
Ja, schon klar - aber das wird wie gesagt nicht von phpDocumentor selbst generiert. Stattdessen generiert phpDocumentor die Dateien, mit denen man den Microsoft HTML Help Compiler füttern kann und erst der macht dann daraus ein CHM.
Viele Grüße,
Christian