ich ignorier mal dein gebrabbel und beziehe mich nur auf den letzten satz:
referenz ist hier nachzulesen
http://www.w3.org/TR/CSS21/
aber die referenz spiel keine rolle, wenn man nicht versteht was man tut
du musst zuallererst aufhören linear zu denken
eine seite besteht nicht aus
header, inhalt und footer
das menu ist nicht im header
auch wenn ein menu visuell im header ist, gehört das ding dort nicht zwangsläufig hin
schau dir den quelltext von wikipedia.org an, das sollte einiges erklären (aber auch viele dinge, die man so besser nicht machen sollte)
schritt 1)
design machen (ungeachtet des codes, einfach ignorieren und nur das design machen - den designer nicht über html nachdenken lassen)
schritt 2)
inhalt definieren, wie sieht der aus (das dokument, nicht das design!), eine struktur dafür überlegen
seitenkopf
überschrift
text
zwischenüberschrift
überschrift
text text
navigation
suche
fusszeile
inhalt zuerst, megazeug wie menu und suche usw irgendwo hinten anstellen
schritt 3)
jetzt darüber nachdenken, wie das zugehörige stylesheet aussehen kann/wird und bei bedarf gruppierende container ergänzen um alles richtig zu positionieren (und damit ist jetzt nicht position: absolute gemeint)
du siehst also, es gibt keine gewissheit
auch wenn das menu augescheinlich dann "im" header liegt, muss es nichtmal entfernt in der nähe eines elements sein, dass header heisst geschweige denn darin sein