Hallo,
nl2br() ersetzt keine Zeilenumbrüche sondern ergänzt diese diese um <br />. Das \n (\r, \r\n) bleibt weiterhin erhalten.
Allerdings ist es nicht schön, beim Abspeichern diese Veränderungen vorzunehmen, normalerweise macht man dieses erst bei der Ausgabe.
Grüße
Andavos