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Hellihello
das alles ist im grunde nicht kompliziert. Scite sucht in dem einen (dort wo es liegt) oder dem anderen Ordner (dem User-Ordner - /home/<username>).
Aber Installation über die Synaptik-Paketverwaltung ist sicherlich nicht unsinnvoll.
Die leeren Konfigurationsdateien zeugen davon, dass da eben nix drinne steht. Da kannst Du aber schön sehen, in welchem Verzeichnis die liegen (Programmverzeichnis oder Userverzeichnis).
Die locale.properties liegen in Windows in dem Ordner, in dem auch die Scite.exe liegt. Am Mittwoch könnte ich schauen, wie das unter Linux ist.
Dank und Gruß,