Funktionsverwaltung bei C

[Multi]

Mahlzeit,

die ich dann über eine include.h einbinde(mit dieser werden alle C-Dateien sowie die Bibliotheken eingebunden).

Nicht so ganz. Header-Dateien sollen keinen eigenen Code erzeugen. Sie stellen auch nur die Funktionoisheader der Libs zur Verfügung.
Normalerweise kompiliert man die zusätzliche Datei als .o und fügt dann alles per Linker zusammen.

Es kommen in Zukunft noch viele weiteren Funktionen hinzu und deswegen hatte ich die Idee, die Funktionen einzeln in DLL's(?)

Da du nicht erwähnst, welches System, kann ich das nicht beantworten.

zu kompilieren und so das Programm nur noch daraus besteht, die Dateien aus dem Ordner auszulesen, das Manü zu generieren und funktionalität reinzubringen.

Bedenke, du musst diese Libs immer mitliefern,. wenn du das Programm irgendwo andersw einsetzen willst.
Bei ein paar tausend Zeilen Code würde ich aber alles statisch kompilieren, weil das Handling einfacher ist.

Kann so etwas funktionieren? Wenn ja, wie?

Können schon, mit deiner gegebenen Info ist aber alles andere pure Spekulation.

P.S.: Bei den DLL's bin ich mir nicht sicher, ob diese zu dem zweck da sind ;-)

Dann lies doch einfach mal nach, was DLLs sind.