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Warum so kompliziert?
Es gibt doch für PHP .pdf-Konverter (wenn ich mich nicht täusche, kann das sogar PHP von Haus aus).
Andererseits ...
Du müsstest den Rückgabewert aus der Anwendung in das Batchscript übergeben, und von dort aus nach PHP ...??
Da wäre es sinnhafter über ein COM-Objekt zu arbeiten, welches die Applikation startet und verwaltet...