Mahlzeit,
es ist schwer etwas dazu zusagen, ohne zu wissen, was Du genau treibst. Zum Beispiel wie Du welche Seiten includierst. Eigentlich sollte es kein Problem sein, da die Includes ja unabhängig von der URL sind und auf der Serverseite direkt ausgeführt werden. Kann man das Problem irgendwo sehen?
Vielleicht kannst Du eine abgespeckte Version irgendwo online stellen, um das Problem nachzustellen und sehen zu können?
the-FoX