Hallo!
Ich bin mir nicht sicher, ob ich richtig verstanden habe was du meinst, aber eine korrekte Weiterverarbeitung von Dateien, die per HTTP-Post übertragen worden sind, sollte normalerweise mit move_uploaded_file vorgenommen werden.
Wie da bei Dir FTP ins Spiel gekommen ist, verstehe ich nicht so ganz. Werden die Dateien auf einen weiteren Server verschoben?
Gruß,
Daniel