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Hallo Tom,
Ein paar Tipps zu dem Thema:
KDE oder auch nur X würde ich nie unter Root laufen lassen. Dann laufen alle Programme, die Du daraus startest, mit root-Rechten, was Sicherheitsprobleme ohne Ende mit sich bringt.
Möchte ich tatsächlich ein grafisches Programm mit root-Rechten starten, mache ich das idR. so: Konsole öffnen, "xhost +" oder "xhost +localhost" ausführen, "su" ausführen, Programm starten.
Mit xhost kann man ändern, wer auf den X-Server zugreifen darf, "xhost +" erlaubt den Zugriff von überall (nicht unbedingt eine gute Idee, wenn der X-Server tatsächlich von außen erreichbar ist), "xhost +localhost" zumindest für jeden Prozess auf dem Rechner (keine gute Idee, wenn der Rechner wirklich von mehreren Nutzern gleichzeitig genutzt wird).
Dann zu Eclipse:
Software über den Paketmanager zu installieren ist toll, wenn man die Software genau so verwenden möchte und es einem egal ist, wenn die Repository-Version manchmal nicht die aktuellste ist. Bei mir gilt das für die meiste Software, für meine IDE gilt es aber z.B. nicht.
Gerade wenn die Software über ein eigenes Updatesystem verfügt, das auch noch in globalen Verzeichnissen rumpfuschen will, hat man da ein Problem. (Für Firefox gilt das übrigens nicht, da kann man das Paket installieren und dennoch bequem Extensions ins homeverzeichnis installieren lassen).
Ich würde Eclipse manuell nach /opt/Eclipse o.ä. installieren und benutzern, die den Update-Manager verwenden können sollen, entsprechende schreibrechte auf das Verzeichnis geben. Diese Installation lässt sich dann auch von mehreren Nutzern verwenden.
Grüße
Daniel