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Über Performance würde ich mir keine Gedanken machen. So wie sich das anhört ist es ein einmaliger Vorgang. Eher um die Vollständigkeit. Ich würde in den alten Tabellen eine Spalte einbauen, die den Status übertragen/nicht übertragen speichert. Dann kannst du alles mit LIMIT schrittweise übertragen.
Oder vielleicht kannst du auch bei Serverzugriff alle MySQL-Dateien direkt übertragen.