Ich habe auch einen V-Server von Strato,
bei mir funktioniert das Hochladen von .htaccess-Dateien jedoch ohne Probleme.
Ich habe es gerade noch einmal getestet, es funktioniert sogar mit dem FTP-Explorer von Windows. Da alle Dateien, die mit einem Punkt beginnen, versteckte Dateien sind, werden diese aber nicht angezeigt, das weißt du, oder?
Vielleicht liegt es an deinem FTP-Clienten? Log dich doch bitte in deinen Strato-Account ein und lade dir im Menü "Extras" das Programm WinSCP herunter.
Das ist ein SFTP-Client, also ein FTP-Client, der mit verschlüsselten FTP-Verbindungen arbeiten kann. Bei diesem Client, den ich auch nutze, weiß ich, dass es definitiv funktioniert.