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Gibts in Java kein replace? Damit wärst du mit dem rauswerfen von /./ schneller.
Und ob der Rest funktioniert oder nicht, das lässt sich am besten im Debugger rausfinden. Es sieht mal nicht ganz schlecht aus, aber das reine drüberschauen wär mir viel zu unzuverlässig. Also ausprobieren, steck ein paar Eingaben rein und schau was passiert.
Ne andere Möglichkeit wär vielleicht, den String erst mal nach allem zwischen / aufzuteilen. Dann kannst du die einzelnen Teile durchsuchen, alles was nur '.' ist rauswerfen und bei allen '..' das vorhergehende löschen. Danach setzt du es wieder zusammen. Das sieht dann vielleicht nachvollziehbarer aus als jetzt.