Hallo,
wenn Du in PHP sowas hast wie:
include 'config.inc.php';
dann ersetze es doch durch
ob_start ();
include 'config.inc.php';
ob_end_clean ();
Dann wird die gesamte Ausgabe, die von der Config-Datei erzeugt wird, komplett ignoriert, inklusive des BOM.
Bei Perl (hinreichend aktuellen Versionen zumindest) ist es dagegen m.W. so, dass das BOM sogar zur Encoding-Autodetection verwendet wird, d.h. das sollte alles eigentlich keine Probleme machen.
Viele Grüße,
Christian