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In meinen Tests hat das nichts mit fullscreen=yes zu tun. Auch ein einfaches Popup lässt sich mit focus() nicht mehr direkt fokussieren. Es blinkt dann bloß in der Taskleiste, aber fokussieren muss ich es selbst (IE 6 / Vista). Auch blur() tut nichts.
Eine Lösung kenne ich leider auch nicht. Ich weiß ehrlich gesagt gar nicht, welchen Sinn dieses Verhalten haben soll.
Mathias