Da ich aber meine Navigation nicht über ein Frameset gemacht habe müsste ich sonst auf jeder Seite den Link entfernen oder neu Draufschreiben, so muss ich nur einmal die ID aus dem Array rauslöschen, und jeder Link geht wieder...
Was hat das mit einem Frameset zu tun?
Im übrigen ist das noch irrer als dein bisheriges vorhaben. Nach dem manipulieren des JavaScripts hast du dann im Quelltext Links mit der ID/Klasse "nichtverlinkt" drinnen stehen. Das ist noch schlimmer, als eine klasse "litte_red_arrow" zu nennen oder ein Include für ein Suchfeld "mittelgroße_rechte_suchbox.inc".
Weiters funktioniert deine Lösung nicht ohne JavaScript.