Jedoch bin ich mir nicht sicher wie ich in meinem Fall da vorgehe, da ich ja 3 js-Dateien habe.
jQuery, ein script welches jQuery-konform ist und eines welches dieselbe $-Funktion wie jQuery nutzt.
Wie wärs, wenn du einfach mal die no-conflict-geschichte von jQuery testest? Ist ja nicht so, dass du eine Live-Seite hättest wo du durch ausprobieren etwas zerstören könntest.
Muss ich in meinen js-Dateien auch etwas ändern?
Nein.