Ich glaube ich habe es jetzt im Prinzip. Der Strich vor dem Punkt in der Rule war nicht das Problem obwohl ich sehe dass der da nichts zu suchen hat. Aber offenbar wird der auch in der Rule nicht beachtet.
Die jetzige Lösung sieht so aus (Schon etwas dynamisiert):
RewriteCond %{HTTP_HOST} ([a-z0-9-]+.[a-z]{2,})$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !domain1.info [NC]
RewriteRule ^(.*)$ %1/$1
Ich wußte nicht dass die Conds automatisch mit Und verknüpft sind und dachte das macht man mit C. Und in der Rule war wohl der Strich vor dem Directory falsch oder so.
Jedenfalls wird die Seite so jetzt wirklich richtig angezeigt. Sogar samt relativ verlinktem css. Mir ist zumindest bisher kein Problem aufgefallen.
Das einzige was mich jetzt noch stört ist dass in der zweiten Cond keine Variable funktioniert. Ich hatte gehofft ich kann dort mit %1 auf den Domainnamen aus der vorherigen cond zugreifen aber das führt nur zum Servererror.
Jetzt wird also jede Domain die ankommt auf ihr eigenes Verzeichnis gelenkt.
Kann ich in der zweiten Cond den Domainnamen auch noch dynamisieren?