Oder kann ich dann noch einma von vorne anfangen wenn ich alle nach MPEG4 umgewandelt habe?
Jein - da sowohl MPEG-2 alsauch gängige MPEG-4-Codecs nicht verlustfrei komprimieren, wirst du durch weiteres transcodieren die Qualtität immer weiter verschlechtern.
Wie schon erwähnt ist MPEG-4 sehr umfangreich und für Videocodierung sind nur teile davon interessant, Part 10 (H.264) ist wohl am interessantest.
Bei einem 1080p-Film (2 Stunden) benötigst du hier etwa 2 bis 4 GiB Speicher, ein herkömmlicher PAL-Film ist mit 0,5 - 1 GiB möglich.