Nun ist seit XP die Dateistruktur ziemlich verändert (englische Namen, überall Verknüpfungen).
Nein, geändert hat sich da nicht viel - das system ist nur MUI-Kompatibel.
Da steige ich nicht mehr durch (zumal die Inhalte der "verknüpften" Ordner nicht mitkopiert werden bzw. nur unvollständig).
Das ist eine äußerst vage Aussage, natürlich kann man die Inhalte von Ordnern oder Zielordnern - das sind _keine_ Verknüpfungen - kopieren. Sie verhalten sich ähnliche wie SymLinks und werden entsprechend aufgelöst.
Du solltest halt vielleicht ein System verwenden welches nicht irgendwie verkrüppelt NTFS implementiert sondern ordentlich. Und egal was man dir erzählt: es gibt keine vernünftige, wasserdichte NTFS-Einbindung unter Linux oder Unix.