Wird der Link dann mit gedruckt?
Wieso sollte er? Ich denke, gedruckt wird das PDF?
Und behält der Browser seine SessionID im Cookie?
Wieso sollte er dies nicht? Da aber bei Fremdsoftware das Betriebssystem oder "sonstwas" ggf. das PDF selbst abholt und das Cookie dabei vergessen werden kann solltst Du die Session-ID an die URL anhängen und so per get übertragen. So beugst Du auch gleich (in gewissem Maße) Caching-Problemen (auch bei Proxys!) vor.