Mit JavaScript bist du damit falsch. JavaScript benutzt die Systemuhr des Nutzers. Ob diese genau eingestellt ist, liegt außerhalb deines Einflussbereiches.
Du müsstest die (genaugehende!) Systemzeit des Servers verwenden.
Und was spricht da gegen JavaScript? ;) Man kann den Server doch per JavaScript fragen, wie spät das ist und dann Zählen. Damit der Clientzähler mit dem Serverzähler nicht auseinanderläuft kann man z.B. alle 5 Minuten nochmal sicherheitshalber einen "Uhrenvergleich" machen.