Warum ist count($FILE] nicht = 10? Und vor allem nicht 14? :)
Ist mir ehrlich so noch nicht aufgefallen, das file() die letzte Leerzeile ignoriert.
Nebst der Antwort von Tom: eine Leerzeile ist etwas anderes wie[sic! :p] ein neu angenfangene Zeile - dadurch kommt ggf. auch ein von deiner Erwartungshaltung abweichendes Ergebnis raus - vier Zeilen erklärt das freilich nicht.
"foo
"
"foo
"