Moin!
Wenn man zwei unterschiedliche Domains hat, dann werden die vermutlich ja höchst unterschiedliche Inhalte haben. Also nichts miteinander zu tun haben.
Sie könnten somit auf vollkommen voneinander getrennten Servern liegen.
Warum konfigurierst du das dann nicht so?
Sven hat Recht. Dieses Verzeichnisverschachtlegehampel ist Unsinn. Meines Wissens legt doch Plesk sogar ein Verzeichnis für die vhosts an und, jetzt kommt es, diese Software (die ich nicht mag) will auch in ihrem vhosts-Verzeichnis ein Unterverzeichnis für jeden vhost finden und darin einen Ordner conf für die Konfigurationsdateien des vhosts.
MFFG (Mit freundlich- friedfertigem Grinsen)
fastix